Η ένταξη των μουσικών σπουδών στην Πανεπιστημιακή εκπαίδευση έχει γεννήσει την ανάγκη για συγκεκριμένα προγράμματα σπουδών που να εξασφαλίζουν, σε περιορισμένο -πολλές φορές- χρονικό διάστημα, την επαρκή προετοιμασία των υποψηφίων για την Ανώτατη Εκπαίδευση και, ακολούθως, την επαγγελματική τους αποκατάσταση.
Το Ωδείο Φίλιππος Νάκας εφαρμόζει πρόγραμμα αποτελεσματικής προετοιμασίας των μαθητών για την εισαγωγή τους στα τμήματα μουσικών σπουδών του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, του Ιονίου Πανεπιστημίου, του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων και στο Τμήμα Μουσικής Επιστήμης και Τέχνης του Πανεπιστημίου Μακεδονίας.
Οι σπουδαστές του Ωδείου προετοιμάζονται διεξοδικά ώστε να ανταποκριθούν με επιτυχία στην πανελλαδική εξέταση που αποτελεί τον νέο ενιαίο τρόπο εισαγωγής σε όλα τα Μουσικά Πανεπιστήμια.
Η προετοιμασία περιλαμβάνει α) τη Μουσική Εκτέλεση και Ερμηνεία και β) τη Μουσική Αντίληψη, Θεωρία και Αρμονία.
Τα μαθήματα είναι ατομικά ή ομαδικά, διεξάγονται δε, μία ή δύο φορές την εβδομάδα, ανάλογα με το επίπεδο και την ηλικία των μαθητών.
Ο ελάχιστος χρόνος προετοιμασίας είναι 1 έτος για μαθητές της Γ Λυκείου ή αποφοίτους και 2 έτη για μαθητές της Β Λυκείου.